• ガイア｜テラフォーミングシステム、ゼロドーンの主幹AI。完全なる自我を持ち、ファロの災禍から復興した未来の地球で生命を思いやり育む自然神。９つの副次機能を持ち、それらによってファロの災禍から地球は予定通り復興するが、副次機能のアポロの喪失、そして何者かの信号によりハデスが人類に牙を向けはじめ再び厄災が訪れた。ガイアはそれらを食い止める為に自爆によりプログラムの停止を試みるも、各副次機能は既に古のコンピュータへ散り散りに逃れ作戦は失敗に終わる。しかし自爆前にエリザベド・ソベックのクローンを誕生させる指令を行い主人公アーロイが生まれるのだった。
• ハデス｜トラビス・テイトによって開発されたゼロドーンの副次機能の一つ、再生途中の生物圏が不安定になった際に一掃し再起動するシステム。順調にゼロドーン計画が進めば稼働することもなかったが、謎の信号により悪意を持った自我に目覚め全生命を一掃に動く。サイレンスと接触して彼に古の知識を与える交換条件のもとにサイレンスを騙して操り、メリディアンにあるゼロドーンの通信施設「導きの塔」を目指すのだった。
• ミネルヴァ｜アヨミデ・アオキによって開発されたゼロドーンの副次機能の一つ。副次機能の中で最初に稼働し解析作業と通信を担当、ファロスワームの解析を行い機械を休眠させた。ハデスの暴走そしてガイアが自滅を選択した為、西部のとあるプロセッサに逃げ延びる。
• ヘファイストス｜マーゴ・シェンによって開発された副次機能。地球上の生命を再生させる為の機械の設計と製造を担当。ガイアの自滅の選択により、機械炉を繋ぐネットワークに不完全な自我を持って逃げ延びた為、人間に対抗する機械の設計製造を行い誤った目的で稼働している。
• アイテル｜アンダース・ラーセンによって開発された副次機能。地球の大気の浄化と安定を担当。大気から毒素を取り除き、気温の温暖化と天候の安定化を進めた。ガイアの自滅により、西部のどこかのプロセッサに逃げ延びた。
• ポセイドン｜カタリナ・ガルシア・フェルナンデスにより開発された副次機能。地球の水圏の浄化を担当。ヘファイストスが開発した機械を使い海洋、河川、湖、小川などから汚染物質を除去、生命を支えられる状態に戻した。ガイアの自滅から西部に逃げ延びる。
• デメテル｜ナオト・タナカによって開発された副次機能。地球の植物相の再導入を担当。アイテルとポセイドンが地球の空気、水を整えた後に機械により植物を植え育て環境を整えた。
• アポロ｜サミナ・エバジによって開発された。人類の教育、文化の面で支える副次機能。エレウシスが生誕させた新たな人類を人類史など包括的な教育を施すはずだったがデッド・ファロにより妨害された為、人類は原始的な生活を送っている。
• アルテミス｜パトリック・チャールズ・ロンソンにより開発された副次機能で動物相の再導入を担当。生命を育む地球環境が整った後に機械によって動物の育成生存を助ける。
• エレウシス｜パトリック・プロシャード・クラインにより開発された副次機能で人類の育成と再導入を担当。ゆりかご施設内の人工子宮で人の胎芽を育成後にロボットサービターで幼児期を通じて育てた。

メイン

• 特異点
• テンの翼
• 残されたもの
• GEMINI
• ファロの墓
• 砂の海

サイド

• 岬
• 埋め合わせ
• 兵士の証明
• 血には血を
• 言葉のトゲ
• 故郷を離れて
• 根が張りし地
• 土砂崩れ

サブクエスト

• わずかな勇気
• 太陽の信号
• 古の森
• もっと大きなドカーン
• 不死王
• 正義の潮流
• 壊れた鍵
• 最初に飛んだのは？
• 土産
• 鉄が奏でる音楽
• 花の咲く頃

• レガーラ（声：浅野まゆみ）｜かつてへカーロ族長に仕えていた、テナークスの勇士。カージャ族を憎んでおりメリディアンの壊滅を望んでいたが、へカーロ族長がカージャのサン王と和平を結ぶ決断に反旗を翻す。
• へカーロ（声：手塚秀彰）｜沼地の一派の名の下に、分裂していたテナークス族を統一。古の者が残した映し絵を発見、目にしたことで融和への方針へと転換、分裂していた部族から勇士を任命し統治を補佐させ、カージャ族との和平へ歩み寄った。
• コターロ（声：日野聡）｜テナークス族の勇士、難攻不落の要塞、巨壁内で空の一派に育てられる。一派を離れへカーロに腹心として誇り高く仕えた。カージャ族使節団との和平の場で逆賊となったレガーラに襲われ、アーロイと共闘し逆賊を押し返すも片腕を失う。
• ゾー（声：鷄冠井美智子）｜農業を営むウタル族の一員。赤の動乱でカージャ族の蛮行に心を痛め、一族の意であるウタルの声に背いても、武力蜂起を望むが、悩んだ末に病める者、死を迎える者を支える祈り手になる。
• エレンド（声：宮内敦士）｜オセラム出身の勇敢で屈強な戦士。酒が好きで知られる。姉のエルサと共にかつて、カージャ族の狂王ジランを王座から落とす活躍をした。
• アルヴァ（声：田村睦心）｜クエン国の予言者として、偉大なる古の者である始祖達の技術の解析に一生を捧げる。古いタイプのフォーカスを携え、かつてのサンフランシスコに辿り着く。
• デッカ｜テナークス族、沼地の一派の導師を務める。民に安らぎと模範をもたらす存在。
• ベータ（声：高垣彩陽）｜ファーゼニスの宇宙船オデッセイ号内でエリザベド・ソベックのクローンとして誕生し育成された。
• ティルダ・ファン・ダ・ミーア（声：日野由利加）｜21世紀に生きた古の者。芸術とコンピュータ工学に深く造詣があり、ソベックと知り合い仲を深めるが、2065年にファロの災禍から逃れる為にオデッセイ号にファーゼニスのメンバーと共に地球を離れた。
• エリック｜ファーゼニス一派の執行人として、敵対者を痛ぶり冷酷に処罰する。災禍から逃れた先のシリウス星系が破壊され地球に帰還する。
• ジェラルド｜ファーゼニス一派のリーダー。かつて世界屈指の資産家として名を馳せたが、その人物像はほとんど知られていない。
• テッド・ファロ｜ファロ・オートソリューション社を立ち上げロボットサービスを民間に提供し成功、同社にソベック博士が入社したことで更に飛躍するが、軍事方面への参入をきっかけに、ロボットの不具合が機械の暴走を引き起こしファロの災禍へと至る。ソベック博士らが人類への最後の望みを託したゼロドーン計画を自身の悪事が後世に白日に晒されるのを恐れ、計画を妨害しテーベと呼ばれる秘密のバンカーに閉じこもり一部の仲間と共に余生を生きながらえた。
• エリザベド・ソベック（声：高垣彩陽）｜主人公のオリジナルであり、21世紀の頭脳の1人。絶滅を越えて未来へと繋ぐシステム、プロジェクトゼロドーンの発案者で責任者。
• サイレンス（声：堀内賢雄）｜素性については詳しくは不明の流浪の学者で賢人そして戦士。

• スロータースパイン｜危険で手強い戦闘機械。プラズマエネルギーが溜まると、攻撃が強化され破壊的な特殊能力が解き放たれる。
• ファイアークロー｜内部の炉で資源を精製する巨大で非常に危険な収集機械。蓄えている膨大なブレイズを使い、破壊的な炎攻撃を繰り出す。
• トレマータスク｜動きは遅いものの、厚い装甲板と複数の射撃武器システムによりそれが補われている。巨大な戦闘機械。
• スリザーファング｜離れた位置から敵に食いつくことが可能な、巨大で素早い戦闘機械。とぐろを巻くと攻撃態勢になり全武器が使用可能となる。
• スコーチャー｜一切の妥協なき戦闘機械。破壊的な炎攻撃を繰り出し強力な近接攻撃で戦場を支配する。
• タイドリッパー｜推積物をろ過して資源を集める、巨大かつ強力な収集機械。地上、水中を問わず、呼水を武器にして破壊的な攻撃を繰り出す。
• シェルスナッパー｜攻撃を吸収し、そのエネルギーを変換、蓄積して破壊的な攻撃を行う甲羅を持つ巨大な戦闘機械。
• サンダージョー｜重武装と重装甲を誇る巨大な戦闘機械。素早く移動して敵を容赦なく攻撃しながら、様々な重火器を絶え間なく展開してくる。
• ベヒーモス｜小型の機械から資源を回収する大型で強力な輸送機械。刺激されると、反重力システムを使って巨大な岩石を外敵に投げつける。
• グレイザー｜天然資源を掘り起こしてバイオ燃料き転化させる集団行動の機械。危険を察知するとすぐに逃げるが仲間の退却を援護する為に敵を攻撃することもある。
• スクランジャー｜群れでいるのをよく見かける、俊敏な清掃機械。落ちた部品を素早く処理したり、接近して噛み付いたり遠くから電撃攻撃を浴びせたりする。
• スクラッパー｜機械の残骸を解体して再利用する清掃機械。
• プラウホーン｜土壌を耕して種を蒔く収集機械。
• スカイドリフター｜脅威になるものを発見し追跡する飛行機械。
• バロワー｜高音を発して味方に危険を知らせる偵察機械。

武器

• ノラ族伝承の槍
• 空殺し
• ヴァンガードの狩人の弓
• デルタの長弓
• 氷嵐のボルトブラスター
• 境界のトラップキャスター
• 断末魔の戦弓
• 雷電のシュレッダーガントレット

矢弾

• 拘束ロープ
• 分裂爆弾
• プラズマのキャニスターハープーン
• ドリルスパイク
• 雷のボルト
• 爆発スパイク
• 狩人の矢
• 呼水の爆弾
• 軽量矢
• 貫通シュレッダー
• 炎のスパイク

防具

• 勇敢なるノラ
• ウルタの祈り手
• テナークスの立証者
• テナークスの高潔な勇士
• ソベックの衣装
• オセラムの森林学者
• カージャの商人
• ウルタの守護者

コイル

• オーバードローダメージ
• プラズマと雷
• 凶暴
• 粘着
• 衝撃ダメージ
• 酸耐性
• ダウンダメージ
• リロード速度
• 攻撃動作

薬、料理

• 小回復
• 活力の薬
• 浄化薬
• 郷土シチュー

罠

• 衝撃の罠
• 呼水の罠
• 雷の空中罠
• 酸の罠

道具

• 石
• ファストトラベルパック
• 機械の指笛
• 発煙爆弾
• サンウイングの笛

資源

• 古の彫刻
• 金の塊
• 古のネックレス
• 古の金属の眼
• 古の黒い腕輪
• 強化型シェルスナッパーの心臓
• 汚染された肉
• 青銅の塊
• 上質な歯
• 古のつまようじ
• ワイドモウの心臓

戦士

• レゾネーターブラスト
• ノラの矛
• 防御崩し
• クリティカルブースト
• 近接ダメージ
• クリティカルストライク
• 空中斬り
• スプレッドショット
• 活力斬り
• 回転斬り

罠

• 迅速設置
• 回収技術
• 迅速作成
• 誤爆耐性
• 罠の設置上限
• クイックワイヤー

狩人

• 精神統一
• 集中継続
• 一斉射撃
• 武器スタミナ＋
• 義勇の発露
• 名手
• スタミナ回復
• 作業台の熟知ダウンショット
• ウルトラショット

生存

• 薬効強化
• 瀕死時回復
• バウンド爆弾
• トリプルシュレッダー
• 強靭
• 薬草容量
• 負傷時の義勇

隠密

• サイレントストライク
• ステルスストーカー
• ステルス狙撃
• サイレントストライク回復
• ステルス移動
• 音なき槍
• ステルス切断＋
• ダブルショット

機械

• 機乗防御
• オーバーライド延長
• 機械の攻撃強化
• 飛翔スパイク
• スパイクトラップ
• スプリットスパイク
• オーバーライドコマンド
• 機械の属性強化
• 修理効率